거대 우주선에서 출격한 기계수들이 사오토메 연구소와 과학요새연구소를 습격한다. 과학요새연구소는 파괴되고, 무사시는 공중괴수 그랑겐에 의해 불귀의 객이 되고 만다. 게다가 그레이트 마징가의 테츠야도 광선괴수 피그트론의 공격을 받고 중상을 입는다. 사오토메 연구소는 무사시를 대신해 벤케이를 영입하고 새로이 겟타로보G를 출격시킨다. 그레이트 마징가도 신무기 ‘그레이트 부스터’를 장비하고 적의 사령탑인 우주선으로 향한다.