수 천년간 잠들어 있던 환상의 포켓몬 아르세우스! 마침내 미케나에 전해지는 전설의 비밀이 밝혀진다! 지우와 피카츄 일행이 도착한 아름답고 풍요로운 마을 미케나에 내려오는 전설… 그것은 아주 먼 옛날 환상의 포켓몬 아르세우스가 마을로 떨어지는 거대한 운석에 몸을 부딪혀 많은 사람들과 포켓몬들을 구한 것으로부터 시작된다. 운석과의 충돌로 힘을 잃어버린 아르세우스에게 다모스라는 남자가 힘을 되찾아주고, 다모스의 도움으로 기운을 찾은 아르세우스는 자신의 생명의 근원 중 [물][풀][땅][우뢰][용]의 힘을 떼어내 “생명의 보옥”을 만들어 다모스에게 빌려준다. 생명의 보옥 덕분에 황폐했던 미케나는 녹색의 푸른 대지로 변하고, 다모스는 다음 개기일식이 일어나는 날 그 생명의 보옥을 아르세우스에게 돌려주기로 약속하는데… 마침내 약속의 날이 다가오지만 다모스는 다른 포켓몬스터들과 오히려 아르세우스를 공격한다. 생명의 보옥을 영원히 간직하기 위해 아르세우스를 배신한 것! 그 후, 긴 시간이 흘러 잠에서 깬 아르세우스는 무시무시한 분노와 함께 마을을 파괴하기 시작하고, 평화롭던 미케나는 한 순간에 폭음과 연기에 둘러싸이고 만다. 다모스의 잘못을 바로잡기 위해 오랜시간 아르세우스를 기다린 시나가 “생명의보옥”을 되돌려 주지만, 가짜임이 밝혀지며 아르세우스의 분노는 더해가기만 하고… 위기에 빠진 순간, 디아루가의 도움으로 지우 일행은 시간을 초월해 그 옛날 다모스가 아르세우스에게 ‘생명의 보옥’을 돌려주기로 약속했던 바로 그 날로 이동하는데 성공한다! 과연, 그들은 다모스의 배신에 얽힌 비밀을 밝히고 약속대로 아르세우스에게 생명의 보옥을 전달하는데 성공해 뒤틀어진 역사를 바로잡을 수 있을 것인가!!