사고뭉치 발명왕 토끼 ‘볼트’는 아빠가 발명한 타임머신과 자신이 발명한 공간이동 가방의 능력을 합친 발명품을 완성시켜 할아버지에게 능력을 인정 받으리라 결심한다. 우연히 비밀의 방 실험실을 발견하여 첫 공간 이동에 성공하는 볼트! 하지만 발명의 완성을 위해서는 거대한 수정석 에너지가 필요하고, 수정석을 구하기 위해 과거로 시간여행을 떠나게 된다. 과거에는 온갖 신기한 현상들이 친구들을 기다리고 있었는데…