로마제국이 최후를 맞이하는 격변의 시기, 신의 이름으로 세상을 지배하려는 야망으로 가득찬 이들은 거대 전쟁을 일으킬 준비를 한다. 미모와 지성을 겸비해 모든 남성들의 선망의 대상이 되었던 세기의 여인, 천재 천문학자 히파티아(레이첼 웨이즈)는 전쟁의 소용돌이 속 오직 진리만을 위해 세상과 맞서 싸운다. 한편, 스승 히파티아를 향한 사랑과 야망 사이에서 갈등하는 오레스테스(오스카 아이삭)는 결국 권력을 선택하고, 신의 이름으로 수많은 사람을 전쟁으로 몰아넣는 주교 시릴은 자신의 길을 방해하는 히파티아를 처단하기 위해 온갖 음모를 계략한다. 노예의 신분으로 히파티아를 사랑했지만, 이룰 수 없는 운명 앞에 신을 택했던 다보스(맥스 밍겔라)는 죽음의 위기에 놓인 히파티아를 위해 마지막 순간 가장 비극적인 사랑의 방식을 선택하는데… 과연, 신의 이름으로 세상을 지배하려는 세력과 그에 맞서는 사람들의 역사를 뒤흔든 전쟁의 끝은 어떻게 될 것인가?