‘스타크 인더스트리’의 대표 토니 스타크(아이언맨)는 새롭게 개발한‘하워드’위성을 세상에 발표한다. 그는 하워드 위성을 통해 폭력과 살인, 테러리즘 등의 범죄를 사건이 일어나기 전에 탐지해서 방지할 수 있는 세상이 열리게 된다고 말한다. 한편 위성 발사를 앞두고 레이더스 무장용병의 공격과 함께 나타난 에제키엘은 부식성 생물학적 세포의 존재로 사람들을 무차별 살상하고 콘트롤타워를 순식간에 폭파시킨다. 아이언맨 조차 속수무책으로 당하고, 이 사건으로 아이언맨의 동료인 로디(워머신)가 희생당한다. 300여명의 사상자가 발생한 이 사건으로 S.H.I.E.L.D의 총책임자 닉 퓨리는 책임을 묻기 위해 토니를 불러들이지만, 토니는 ‘에제키엘’ 을 쫓는다. 토니를 잡기 위해 S.H.I.E.L.D의 요원 나타샤와 호크 아이가 따라붙고 에제키엘에 관한 단서를 쫓던 토니는 자신의 비서 페퍼의 도움으로 테크노 유기 갑옷과 관련된 비밀거래 장소로 찾아간다. 토니는 나타샤와 호크 아이의 추적을 따돌리고 일명 ‘처벌자’로 불리는 프랭크 캐슬의 도움으로 에제키엘의 비밀을 알게된다. 토니의 예전 동업자였던 오바디아 스테인의 아들이자 천재 과학자인 에제키엘은 수년간 테크노 유기갑옷의 불법연구에 관련되어 왔고 테크노보어로 엄청난 초능력을 갖게 되었다. 드디어 S.H.I.E.L.D 본부에 모습을 드러낸 에제키엘은 시스템을 해킹하고 세계의 모든 컴퓨터에 액세스, 하워드를 이용해 세계 주요 위성을 장악하려는 음모를 꾸민다. 이를 저지하려는 아이언맨은 에제키엘과 운명적 대결을 펼치게 되는데…