"또 하나의 결말, 또 한 명의 '도모다치'" 서기 2017년에 해당하는 '도모다치력(ともだち曆) 3년'. 세계는 세계대통령(世界大統領)으로 군림하고 있는 도모다치(ともだち)의 지배 아래 있었고 살인 바이러스가 만연해 도쿄(東京)는 거대한 벽으로 분단되어 버렸다. 그리고 도모다치는 "오는 8월 20일 정오, 인류는 우주인에 의해 멸망당하고 나를 믿는 자만이 구원받는다."고 선언한다. 한편 비밀기지의 동지들은 도모다치의 추격을 피해 몸을 숨기고 있으면서도 저마다 레지스탕스 활동을 벌이고 있었다. 황폐해진 신주쿠(新宿)에 머물고 있던 옷쵸(オッチョ, 도요카와 에츠시)는 반정부조직 '켄지일파(ゲンジ一派)'를 이끄는 요시츠네(ヨシツネ, 카가와 테루유키) 밑에서 떨어져나간 칸나(カンナ, 타이라 아이리)가 더욱 과격한 '얼음여왕(氷の女王)'이라는 조직을 만들고 무장봉기를 계획하고 있다는 사실을 알게 된다. 예전 엄마 대신 칸나를 돌본 유키지(ユキジ, 도키와 다카코)는 그런 칸나가 걱정이지만 칸나는 폭주를 멈추지 않는다. 국민 가수 하루나미오(春波夫, 후루타 아라타)와 행동을 함께 하고 있는 마루오(マルオ, 이시즈카 히데히코)는 행방불명됐던 켄지(ケンヂ, 가라사와 토시아키)의 누나 키리코(キリコ, 구로키 히토미)가 있는 곳을 알아낸다. 그곳에는 동창회 이후 실종됐던 케로욘(ケロヨン, 미야사코 히로유키)도 있었다. 그 무렵 분단된 벽 너머에서 한 남자가 엄중한 경계를 뚫고 경계를 넘으려 하고 있었다. 기타를 매고 야부키 조(矢吹丈, 가라사와 토시아키)라고 자신을 밝힌 남자가 말했다. "나는 칸나를 만나러 간다." 마침내 행방이 묘연했던 켄지가 모습을 드러내고 도쿄를 향해 행동하기 시작했던 것이다. "60억 프로젝트의 최종장!"